Templier, élu grand-maître en 1298, alors que l'ordre venait de s'établir à Chypre, d'où étaient lancées quelques opérations contre l'Islam. Venu en Occident, où les maisons de l'ordre étaient nombreuses, Jacques de Molay composa en particulier deux mémoires destinés au pape, l'un pour donner son point de vue sur le projet pontifical de croisade, l'autre pour envisager et surtout réfuter la possibilité d'une fusion des ordres militaires, souhaitée depuis un quart de siècle par les papes et les conciles. La réfutation de Molay, surtout animée par le désir de conserver au Temple ses avantages et au grand-maître ses prérogatives, fit mauvaise impression. En apprenant les dénonciations dont était victime l'ordre, il demanda lui-même une enquête.
Arrêté avec les autres Templiers de France le 13 octobre 1307, Molay avoua sans avoir, semble-t-il, été torturé les erreurs de l'ordre en matière de foi et de morale; il écrivit à tous ses frères pour les inciter à révéler ce qu'ils savaient. Il renouvela en août 1308, devant la commission cardinalice désignée par le pape, les aveux qu'il avait faits devant les enquêteurs royaux et l'Inquisition. Le pape s'étant réservé le jugement des personnes de quelques dignitaires, Molay refusa de coopérer avec la commission pontificale en novembre 1309.
C'est donc sans l'avoir entendu que Clément V, en avril 1312, supprima l'ordre et, en décembre, déféra le jugement des dignitaires à trois cardinaux.
Molay ne changea probablement pas de position, avouant les vices généraux de l'ordre, tout en se reconnaissant modérément coupable, et c'est pour ces crimes avoués qu'il fut, le 19 mars 1314, condamné par les cardinaux à la prison perpétuelle. En six ans d'enquête, le grand-maître avait à plusieurs reprises soulevé des points de procédure, mais n'avait jamais protesté contre la fausseté des accusations portées par les gens du roi.
La perspective d'un emprisonnement perpétuel lui insuffla un courage que l'espoir d'un accord possible avec le pape lui avait sans doute enlevé jusque-là. Il protesta contre sa condamnation et déclara regretter surtout l'aveu de faux crimes. Les cardinaux se donnèrent la nuit pour réfléchir. Le soir même, les gens du roi firent exécuter Molay et le précepteur de Normandie, Charnay, conformément au droit médiéval qui punissait de mort les relaps. Molay monta sur le bûcher avec résignation et courage.
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